Kiểm tra thuế là bước thường đứng ngay trước một tranh chấp thuế. Toàn bộ khung nằm ở Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, hiệu lực từ 01/7/2026. Bài này đi vào phần cơ học: khi nào bị kiểm tra, bao nhiêu lần một năm, kéo dài bao lâu, và khi nào cơ quan thuế được ấn định thuế.
Quyền của doanh nghiệp trong lúc bị kiểm tra là một chủ đề riêng, đã nói ở bài về quyền của người nộp thuế.
Khi nào doanh nghiệp bị kiểm tra thuế tại trụ sở
Điều 22 khoản 3 điểm a liệt kê các trường hợp cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế:
- Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế;
- Hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế trước, theo nguyên tắc quản lý rủi ro và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế;
- Có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế;
- Được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề;
- Theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền;
- Người nộp thuế có rủi ro.
Mốc 05 năm sau hoàn thuế là điều ít doanh nghiệp để ý. Nhận được tiền hoàn không có nghĩa là hồ sơ đã đóng.
Mỗi năm không quá một lần, nhưng có ngoại lệ
Điều 22 khoản 3 điểm c giới hạn: với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề, và các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh, cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở không quá 01 lần trong 01 năm.
Giới hạn này không áp dụng cho các trường hợp kiểm tra lại tại điểm a khoản 6 cùng Điều. Và nó cũng không áp dụng cho các trường hợp bị kiểm tra vì có dấu hiệu vi phạm hoặc vì rủi ro.
Thời hạn kiểm tra thuế: 20 ngày, 40 ngày hay 02 năm
Điều 22 khoản 3 điểm d đặt ba mức, tính từ ngày công bố quyết định kiểm tra:
| Trường hợp | Thời hạn | Gia hạn |
| Kiểm tra thuế thông thường | Không quá 20 ngày | 01 lần, không quá 20 ngày |
| Doanh nghiệp có giao dịch liên kết | Không quá 40 ngày | 01 lần, không quá 40 ngày |
| Cần trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài | Kéo dài nhưng không quá 02 năm | — |
Một câu ở cuối điểm d cần đọc kỹ: thời hạn này không bao gồm thời gian tạm dừng kiểm tra theo thông báo của cơ quan quản lý thuế. Nghĩa là 20 ngày không phải 20 ngày lịch liên tục, và doanh nghiệp nên lưu lại mọi thông báo tạm dừng để tính đúng.
Không được kiểm tra trùng nội dung, phạm vi, thời gian
Điều 22 khoản 1 điểm d đặt nguyên tắc: việc kiểm tra thuế của cơ quan thuế không trùng lặp về nội dung, phạm vi, thời gian giữa cơ quan thanh tra, cơ quan kiểm tra và Kiểm toán nhà nước — trừ trường hợp có bằng chứng, căn cứ vi phạm cần kiểm tra lại.
Khi một doanh nghiệp bị nhiều cơ quan sờ tới cùng một kỳ, đây là căn cứ để yêu cầu làm rõ trước khi cung cấp lại toàn bộ hồ sơ lần nữa.
Đoàn kiểm tra thuế được niêm phong tài liệu
Điều 22 khoản 5 điểm b cho trưởng đoàn kiểm tra quyền niêm phong tài liệu, hàng hóa của đối tượng kiểm tra khi có căn cứ cho rằng có vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế. Trưởng đoàn cũng là người lập biên bản kiểm tra và xác định rõ hành vi vi phạm trong biên bản.
Biên bản kiểm tra là tài liệu quan trọng nhất của cả đợt. Mọi lập luận sau này khi khiếu nại đều quay về những gì được ghi hoặc không được ghi trong đó.
Kiểm tra lại: bốn cửa và thời hiệu 02 năm
Điều 22 khoản 6 cho phép kiểm tra lại vụ việc đã có kết luận, đã có quyết định xử lý. Bốn trường hợp cơ quan thuế được kiểm tra lại:
- Ban hành quyết định kiểm tra trái thẩm quyền;
- Có vi phạm về trình tự, thủ tục trong quá trình kiểm tra dẫn đến sai lệch nội dung kết luận hoặc quyết định xử lý;
- Có sai lầm trong việc áp dụng pháp luật khi xử lý vi phạm hoặc khi kết luận;
- Nội dung kết luận, xử lý vi phạm không phù hợp theo quy định.
Ba điểm về thẩm quyền và thời gian:
- Thẩm quyền: cơ quan quản lý thuế cấp trên kiểm tra lại vụ việc của cấp dưới;
- Thời hạn kiểm tra lại áp dụng như thời hạn kiểm tra thông thường tại điểm d khoản 3;
- Thời hiệu kiểm tra lại là 02 năm kể từ ngày ký kết luận kiểm tra hoặc quyết định xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế.
Hai điều đầu trong bốn cửa trên đáng chú ý theo chiều ngược lại: chúng cũng chính là những lỗi mà doanh nghiệp có thể nêu ra khi khiếu nại một kết luận bất lợi — sai thẩm quyền, và sai trình tự thủ tục.
Chín trường hợp bị ấn định thuế
Ấn định thuế là kết cục hay gặp nhất sau một đợt kiểm tra thuế bất lợi. Điều 24 khoản 2 liệt kê các trường hợp cơ quan thuế được ấn định:
- Không đăng ký thuế; không khai thuế; không nộp bổ sung hồ sơ theo yêu cầu; hoặc khai không đầy đủ, trung thực, chính xác về căn cứ tính thuế;
- Đã nộp hồ sơ khai thuế nhưng không xác định được các yếu tố làm cơ sở xác định căn cứ tính thuế, hoặc xác định được nhưng không tự tính được số thuế phải nộp;
- Không phản ánh hoặc phản ánh không đầy đủ, trung thực, chính xác số liệu trên sổ kế toán;
- Không xuất trình sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ và tài liệu cần thiết trong thời hạn quy định;
- Không chấp hành quyết định kiểm tra thuế;
- Mua bán, trao đổi và hạch toán theo giá không đúng giá thực tế thanh toán hoặc không theo giá giao dịch thông thường trên thị trường làm giảm nghĩa vụ thuế;
- Mua, trao đổi hàng hóa dùng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ, mà hàng hóa dịch vụ là có thật và đã kê khai doanh thu;
- Dùng chứng từ, tài liệu không phản ánh đúng bản chất giao dịch, hoặc thực hiện giao dịch không đúng bản chất kinh tế nhằm giảm nghĩa vụ thuế;
- Không tuân thủ nghĩa vụ kê khai, xác định giá giao dịch liên kết hoặc không cung cấp thông tin theo quy định.
Khoản 1 đặt nguyên tắc bảo vệ người nộp thuế: ấn định thuế phải dựa trên căn cứ tính và phương pháp tính thuế theo quy định của pháp luật. Ấn định không có căn cứ, hoặc dùng phương pháp không đúng quy định, là điểm tấn công đầu tiên khi khiếu nại.
Từ kiểm tra thuế sang tranh chấp thuế
Một vụ việc thường đi theo đường: quyết định kiểm tra → biên bản kiểm tra → kết luận và quyết định xử lý → khiếu nại → khởi kiện vụ án hành chính. Bốn việc cần làm sớm, làm ngay trong lúc còn đang bị kiểm tra:
- Kiểm ngày ban hành quyết định kiểm tra, vì nó quyết định luật nào được áp dụng cho vụ việc;
- Ghi bảo lưu ý kiến bằng văn bản vào biên bản, không chỉ nói miệng;
- Giữ mọi thông báo tạm dừng, gia hạn để tính lại thời hạn kiểm tra;
- Rà xem phạm vi tài liệu bị yêu cầu có vượt nội dung ghi trong quyết định kiểm tra hay không.
Căn cứ pháp lý
- Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 ngày 10/12/2025, hiệu lực từ 01/7/2026 — Điều 22 (kiểm tra thuế), Điều 23 (biện pháp khi có dấu hiệu trốn thuế), Điều 24 (ấn định thuế), Điều 37 (quyền và nghĩa vụ của người nộp thuế), Điều 42 (khiếu nại), Điều 43 (khởi kiện), Điều 53 (chuyển tiếp).
- Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 — vẫn áp dụng cho các cuộc kiểm tra có quyết định ban hành trước 01/7/2026 mà chưa có kết luận, theo Điều 53 khoản 3.
- Luật Tố tụng hành chính — áp dụng cho việc khởi kiện theo Điều 43.
Unilaw làm gì trong lĩnh vực này
- Rà soát quyết định kiểm tra thuế: thẩm quyền ban hành, nội dung, phạm vi, thời kỳ và thời hạn.
- Xác định phạm vi tài liệu phải cung cấp và tài liệu được từ chối theo nội dung ghi trong quyết định.
- Soạn văn bản giải trình và nội dung bảo lưu ý kiến để đưa vào biên bản kiểm tra.
- Phân tích căn cứ và phương pháp ấn định thuế, dựng lập luận phản bác theo Điều 24 khoản 1.
- Dựng hồ sơ khiếu nại, và đánh giá khả năng thắng trước khi khởi kiện vụ án hành chính về thuế.
Tra bản án và án lệ liên quan tại kho bản án của Unilaw.
Bài liên quan trong chuyên mục
Chuyên mục: Kiểm tra và tranh chấp thuế · Thuế thu nhập cá nhân · Tư vấn thuế
- THUẾ THU NHẬP CÁ NHÂN VỚI HỘ KINH DOANH: NGƯỠNG DOANH THU VÀ CÁCH TÍNH — ngưỡng doanh thu nay do Chính phủ ấn định và hai cách tính khi vượt ngưỡng.
- QUYẾT TOÁN THUẾ: THỜI HẠN, KHAI BỔ SUNG VÀ TIỀN CHẬM NỘP — thời hạn nộp hồ sơ quyết toán, khai bổ sung trong 05 năm và cách tính tiền chậm nộp.
- TƯ VẤN PHÁP LUẬT THUẾ CHO DOANH NGHIỆP: QUYỀN CỦA NGƯỜI NỘP THUẾ — 18 quyền của người nộp thuế khi làm việc với cơ quan thuế, kể cả quyền từ chối kiểm tra.
- ĐIỀU KIỆN KINH DOANH DỊCH VỤ KẾ TOÁN: AI ĐƯỢC PHÉP LÀM — ba loại hình doanh nghiệp được phép và điều kiện cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện.
Cần tư vấn cho một vụ việc cụ thể, xem trang luật sư thuế và tài chính của Unilaw.
